Pārtikas rūpniecībā papaīnu izmanto kā gaļas mīkstinātāju, un papaijas audzēšanas valstīs mājsaimnieces gaļu ietin papaijas lapās, lai tās uz nakti kļūtu mīkstas. Ķīmiskās saites starp olbaltumvielām, kurām saistaudu šķiedras neļauj sadalīties, sarauj papaīns. Amatieru valodā vielu enzīmu sadalīšanu audos vai zarnās sauc par detoksikāciju. Tā sauktie toksīni, zemas fiziskās aktivitātes un slikta uztura produkti, traucē normālu vielmaiņu. Regulāri iedarbojoties proteīnus noārdošiem enzīmiem, atkritumi tiek sadalīti un viegli izvadīti no organisma. Tā rezultātā audi paliek jauni un enerģiski.
Papaīns novērš uzkrāto tauku nogulsnēšanos un pat noņem šīs nogulsnes. Literatūrā un presē papaīns un citi proteīnu sagremojošie enzīmi, piemēram, bromelīns no ananāsiem, dažkārt tiek pasniegti tā, it kā tie paši varētu noārdīt vai noārdīt taukus. Tā nav taisnība. Papaijas un ananāsu fermenti sadala olbaltumvielas, nevis taukus. Ja zemādas taukaudi izjūt pozitīvu efektu, tas ir saistīts ar enzīmu ietekmi uz saistaudu un tauku šūnu (lipocītu) struktūrām. Lipocīti ir ārkārtīgi lielas šūnas, kuru stabilitāti traucē enzīmu ietekme.
Daudzās valstīs (piemēram, ASV) papaīns ir iekļauts farmakopejā tā universālās iedarbības dēļ. Pieauguša cilvēka veselā zarnu gļotāda uzsūc līdz 6-10% papaīna. Lai sasniegtu iecerēto rezultātu, nepieciešama ilgstoša un regulāra enzīmu lietošana. Tikai šajā gadījumā pašsajūtas uzlabošanos var sagaidīt aptuveni 3 mēnešu laikā. Tropu augļu enzīmu pozitīvā puse ir to labā panesamība.
Papaīns – šis enzīms veicina barības vielu, īpaši olbaltumvielu un ogļhidrātu, gremošanu un uzsūkšanos. Papaīns ir ferments, kas salīdzinoši augstā koncentrācijā atrodams papaijas augļa zaļajā mizā un graudos. Šim fermentam ir plaša ietekme uz olbaltumvielu sadalīšanos un tas pieder cisteīna proteāžu grupai. Kā alternatīvās medicīnas zāles šai vielai ir terapeitiska iedarbība slimību ārstēšanā sākotnējās stadijās. Papaīns arī nedaudz sadala asinsvadu iekšējo sieniņu fibrīnu, kas samazina trombozes rašanās iespējamību. Ir arī teikts, ka tai ir zobu balināšanas efekts.
Papaīns ir aktīvs jebkurā vidē – skābā, sārmainā, neitrālā. Tāpēc to lieto slimībās, kas izraisa gremošanas trakta skābuma problēmas.
Pārtikas rūpniecībā papaīnu izmanto kā gaļas mīkstinātāju. Brūvēšanas laikā papaīns neļauj alum kļūt duļķainam. Tekstilrūpniecībā to izmanto kā palīglīdzekli vilnas un zīda ražošanā, novēršot audumu sapīšanu un saraušanos.